جلسه شورای هماهنگی روسای مراکز روابط‌عمومی و اطلاع‌رسانی چندی پیش در جماران تشکیل شد. در این جلسه محمدباقر نوبخت، سخنگوی دولت،خطاب به حسن خمینی گفت: "من از تعبیر مولانا استفاده می‌کنم: «چون که گل رفت ما بوی گل را از چه جوییم، از گلاب» شما برای ما گلاب و معطر هستید. جایگاه شما در قلب عاشقان امام محفوظ است و هیچ چیز نمی‌تواند میان مردم و یادگاران امام خمینی (ره) فاصله ایجاد کند."

 او همچنین تاکید کرد: "هدف اصلی از تشکیل این جلسه در جماران، استفاده از حضور و دیدگاه‌های حجت‌الاسلام والمسلمین سید‌حسن خمینی است."

این در حالی که است که راستگرایان جمهوری اسلامی از مواضع سیاسی این خانواده ناراضی هستند و آنان به مشکلی برای محافظه کاران تبدیل شده اند. در این سالها، و خصوصا پس از بحران انتخابات در سال ۱۳۸۸، نزدیکی خانواده خمینی به منتقدان رهبری آیت الله خامنه ای، خشم هواداران رهبر جمهوری اسلامی را به دنبال داشته است. این نارضایتی زمانی شدت گرفت که حسن خمینی در نامه ای به رئیس صدا و سیما از ترسیم چهره خشن برای خمینی انتقاد کرد.

در آن زمان و با اوج گرفتن انتقادها از رفتار خشن حکومت با معترضان و سرکوب خونین اعتراضها، تلویزیون حکومتی ایران برنامه ای چند قسمتی با عنوان "شاخص" تولید کرد و در آن مواضع تند آیت الله خمینی درباره مخالفان جمهوری اسلامی را نمایش داد. به دنبال پخش این برنامه ها حسن خمینی در نامه ای اعتراضی به ضرغامی تاکید کرد: "جاي تاسف است که در صداوسيما از هزاران هزار جلوه رأفت و محبت که با اتکا‌ي به جوهره اسلامي و روح بلند مذهب شيعه اثني عشريه آفريده شد، چشم پوشيده مي‌شود و بدون اشاره به شرايط زماني خاص به بزرگ نمايي غلط و تحريف گونه قضاياي گذشته همت مي‌گماريد و به غلط درصدد مشابه‌سازي تاريخي هستيد."

نامه حجت الاسلام سیدحسن خمینی خشم هواداران آیت الله خامنه ای را برانگیخت. حسین شریعتمداری، نماینده خامنه ای در کیهان در یادداشتی با عنوان "«شاخص » شما چيست؟ !" آورده بود: "بايد به جناب سيدحسن خميني عرض كرد كه كجاي اين ماجرا، حضرتعالي را نگران كرده است؟ رسوايي سران فتنه؟! بيداري و هوشياري نسل هاي سوم و چهارم انقلاب و رويكرد آنان به خط زلال حضرت امام؟! واگويه دوباره نظرات ملكوتي و گره گشاي آن حضرت؟! و...؟! اگر هيچكدام از اين موارد باعث نگراني جنابعالي نشده است- كه نشده و نبايد بشود- پس علت نگراني شما چيست؟! "

 او در همین یادداشت اضافه کرده بود: "متاسفانه، طي چندماه اخير و به گواهي اخبار رسماً منتشر شده، جناب سيدحسن خميني با برخي از عوامل اصلي فتنه پس از آزادي موقت آنها، ديدار صميمانه و دلجويانه داشته اند."

او در پایان افزوده بود: "رابطه نسبي با حضرت امام(ره) اگر چه محترم است ولي محترم تر از آن پيروي و تبعيت از امام راحل(ره) است و هر كه تابع تر، به حضرت امام(ره) نزديكتر."

چندی بعد و در اواخر سال ۱۳۸۸، یکی از اعضای گروه فشار طی یادداشتی در وبلاگش نوشت: "امسال واژه ها درست سر جای خود مصرف شد. ما عادت کرده بودیم به ول خرجی. الکی به این و آن می گفتیم خط امام، موسسه تنظیم و نشر آثار امام، نخست وزیر امام. نوه امام را کاری ندارم اما نتیجه امام «سید حسن» با نام خانوادگی «نصرالله» است."

او اضافه کرده بود: "امام در خانه کوچک و حسینیه محقر جماران هر چه گفت، در دل ما، هم ثبت شد هم تنظیم، خامنه ای هم دارد آن را نشر می دهد. موسسه اگر می خواهد امام دیگری طراحی کند، اشتباه می کند. ما اجازه نمی دهیم از خمینی بت شکن از خمینی پیام حج از خمینی پابرهنگان از خمینی آمریکا هیچ غلطی نمی تواند بکند، فقط یک قلمبه نور درست شود. [...] موسسه تنظیم آثار امام وصیت نامه پدر من است. ما ۳۰۰ هزار شهید ندادیم که شما امام ما را به قرائت خود تفسیر کنید. امام، امام مرفهین بی درد امام آقازاده ها نبود. اولین کسی که علیه آقازاده ها قیام کرد خود امام بود و این کار را از نوه خود «سید حسین» شروع کرد. نه، از امام بت شکن ما «پاپ» در نمی آید. ما فریاد امام را به سکوت موسسه تنظیم نمی فروشیم. ما خروش امام را به سازش شما نمی فروشیم. ما اجازه نمی دهیم امام در موسسه تنظیم و نشر آثار خودش غریب بیافتد. ما نمی گذاریم امام را از خانه اش از حسینیه جماران بیرون کنند. ما امام بیدار را به آدم های خواب نمی فروشیم. ما اهل موسسه تنظیم نیستیم، امام تنها بماند. «خمینی. دات. آی. آر» یعنی خار در چشم اغیار. «من به خام اندیشی ات ای موسسه تنظیم گرفتار شدم/ چشم بسته تو را در فتنه سال ۸۸ دیدم و بیمار شدم»."

این نوشته ها تنها نمونه هایی از انتقادات فزاینده ای بود که راستگرایان علیه خاندان خمینی مطرح میکردند. پس از آن بود که در مراسم سالیانه مرگ آیت الله خمینی، وقتی که حجت الاسلام حسن خمینی در محل خاکسپاری پدربزرگش و در حضور آیت الله خامنه ای سخنرانی میکرد، با شعارهای "خودجوش" گروه فشار ناچار شد سخنان خود را ناتمام رها کند.

خبرگزاری فارس وابسته به سپاه پاسداران در آن زمان طی گزارشی نوشته بود: "در ابتداي سخنراني سيدحسن خميني مردم شعارهايي ازجمله «مرگ بر ضد ولايت فقيه»، «مرگ بر موسوي»، «اين همه لشكر آمده به عشق رهبر آمده»، «خوني كه در رگ ماست، هديه به رهبر ماست»، «ما اهل كوفه نيستيم، علي(ع) تنها بماند، نواده روح الله سيد حسن نصرالله، اي يادگار امام رهبر ما خامنه اي والسلام، بصيرت حاج احمد هديه به بستگانش... و شعارهايي نيز عليه سران فتنه و در حمايت از رهبر فرزانه انقلاب سر دادند."

در ادامه این گزارش آمده بود: "سيدحسن خميني كه به دليل شعارهاي گسترده مردم نمي‌توانست آنگونه كه مي‌خواهد سخنراني كند، گفت: اگر دوستان بناي شعار دارند، بهتر است اجازه دهند من چند دقيقه‌اي صحبت كنم، وقتي كه رهبري معظم انقلاب تشريف آوردند و در جايگاه قرار گرفتند، طبيعتاً نسبت به آن بزگوار ابراز احساسات مي‌كنند. شدت شعارهاي مردم به حدي بود كه سيد حسن خميني نتواند به سخنان خود ادامه دهد."

اهمیت این رویداد به آن دلیل بود که در جلسه مزبور سیدعلی خامنه ای هم حضور داشت و بعد از آنکه برای سخنرانی حاضر شد هیچ اشاره ای به اختلال صورت گرفته در سخنرانی حسن خمینی نکرد. نارضایتی خامنه ای از خاندان خمینی دیگر چیز پنهانی نبود.

نزدیکی خانواده خمینی به سیدمحمد خاتمی و مواضع اصلاح طلبانه آنها خوشایند جناح افراطی جمهوری اسلامی نبوده است. نباید فراموش کرد که در زمان ریاست جمهوری خاتمی و پیگیری قتلهای زنجیره ای، اولین بار خبری مبنی بر قتل سیداحمد خمینی، پدر سیدحسن خمینی توسط وزارت اطلاعات ایران منتشر شد. در آن زمان عمادالدین باقی که از روزنامه نگاران پیگیر پرونده قتلها بود، این موضوع را افشا کرده بود. زمانی که عمادالدین باقی محاکمه میشد یکی از اتهامات او انتشار همین خبر بود و سیدحسن خمینی طی نامه ای رسمی به باقی اعلام کرد که خبر اعترافات سعید امامی درباره قتل پدرش را از محمد نیازی شنیده است.

فاصله گرفتن خاندان خمینی از سیدعلی خامنه ای از همان زمان آغاز شده بود و در بحران سال ۱۳۸۸ به شکافی جدی تبدیل شد. در انتخابات تابستان گذشته نیز سیدحسن خمینی در کنار سیدمحمد خاتمی و علی اکبر هاشمی رفسنجانی به مهمترین بازیگران پشت صحنه انتخابات تبدیل شدند و در نهایت کاندیدای مورد حمایت آنان در انتخابات پیروز شد.

در همین انتخابات بود که زهرا مصطفوی فرزند آیت الله خمینی طی نامه ای صریح خطاب به خامنه ای نسبت به رد صلاحیت هاشمی رفسنجانی اعتراض کرد و نوشت: " همان روزی که تأئید امام بر رهبری حضرتعالی را از زبان ایشان شنیدم و همواره آن نظریه را در مواقع لازم بیان کرده ام تأئید صلاحیت برادر آقای هاشمی را هم شنیدم زیرا امام بعد از نام جنابعالی نام ایشان را هم ذکر کردند. خوشبختانه و به حق حضرتعالی مورد رأی خبرگان قرار گرفتید، لذا لزومی نمیدیدم تا ذکری در این مورد از ایشان به میان آورم. اما متاسفانه امروز که می بینم شورای نگهبان دست به رد صلاحیت ایشان برای ریاست جمهوری زده است."

 او در ادامه نامه کنایه زده بود: "نشان دهید که چرا امام میفرمود : ولایت فقیه برای آن است که نگذارد هر کس هر کاری دلش می خواهد بکند و ولایت فقیه می خواهد جلوی دیکتاتوری را بگیرد."

بلافاصله پس از انتشار این نامه، انتقادات راستگرایان جمهوری اسلامی از خاندان خمینی تشدید شد. از جمله آیت‌الله سیداحمد علم‌الهدی عضو مجلس خبرگان و امام جمعه مشهد در جمع خبرنگاران گفته بود: "در ارتباط با نامه زهرا مصطفوی که گفته‌اند امام بعد از اینکه اسم مقام معظم رهبری را آورده‌اند سپس اسم آقای هاشمی را نیز آورده‌اند، باید بگوییم که اگر منظور این بود که یعنی امام (ره) برای رهبری این نظام دو نفر را در نظر گرفتند نه تنها دروغ است بلکه خلاف واقع نیز است. باید این را تشخیص دهیم که حضرت امام نه تنها یک فقیه بلکه یک خبره فقیه‌شناس هم بودند و اینگونه نسبت دادن به امام هتک حرمت به امام راحل است که امام برای رهبری این امت دو نفر را کنار هم به عنوان فقیه‌ جامع‌الشرایط دیده‌اند."

در هفته های اخیر نیز گروه فشار از سخنرانی سیدحسن خمینی در شهر بروجرد جلوگیری کرد. با وجودی که حملات مکرر گروه های فشار و راستگرایان به خاندان خمینی "بصیرت" آنان را افزایش نداده است، اما به نظر میرسد که راستگرایان هنوز هم ناامید نشده اند.