صادق آینه‌وند، رئیس پژوهشگاه علوم‌انسانی و مطالعات فرهنگی خبر داده که رشته‌های علوم انسانی که سرفصلهای آنها اسلامی شده است از مهر۹۳ در دانشگاهها تدریس می‌شود. در گزارش روزنامه همشهری در تاریخ بیستم بهمن ماه آدینه گفته سرفصلهای برخی دروس، از جمله علوم تاریخی و باستان‌شناسی از هشتاد تا صد در صد تغییر یافته است. این روزنامه همچنین نوشته شورای تحول و ارتقای علوم انسانی زیرنظر حدادعادل در شورای‌عالی انقلاب فرهنگی همچنان فعال است.
آرزوی اسلامی کردن دانشگاه‌های ایران، سالهاست که تکرار می‌شود. حدود دو سال پس از پیروزی انقلاب، دانشگاه‌های ایران در ماجرای انقلاب فرهنگی تعطیل شدند. دو سال طول کشید تا دانشگاه با برنامه‌ای جدید و پس از تصفیه بسیاری از استادان و دانشجویان بازگشایی شود. در آن زمان آیت‌الله خمینی شورایی به نام ستاد انقلاب فرهنگی تاسیس کرده بود، تا پس از بازنگری در وضعیت دانشگاهها و "انقلاب آموزشی اسلامی"، زمینه بازگشایی دانشگاه را فراهم کنند. اما بعدها و پس از بازگشایی دانشگاهها، گفته شد که برنامه اسلامی کردن دانشگاه موفق نبوده است. برای نمونه محمد مهدی زاهدی، اولین وزير علوم دولت احمدی‌نژاد، زمانی با اشاره به تعطيلی سه ساله دانشگاه ها به بهانه انقلاب فرهنگی، گفته بود: "با تاسف بايد بگويم ما در حوزه علوم انسانی موفق نشديم آنچه را نظام از ما انتظار داشت، طراحی و برنامه ريزی کنيم."
پس از مرگ آیت‌الله خمینی، رهبر جدید جمهوری اسلامی هم از همان آغاز کار، خواستار اسلامی شدن دانشگاه شد. آیت‌الله خامنه‌ای در اولین روزهای آغاز به‌کارش در موقعیت جدید، طی دیدار با دانشجویان گفته بود: "دانشگاه لاابالى و بيگانه از ارزشهاى دينى و بىتفاوت و خونسرد نسبت به مفاهيم و جهتگيرىهاى انقلابى، دانشگاهى كه در او نبض انقلاب نزند، دانشگاهى كه اعضايش- چه دانشجو و چه استاد- نسبت به حركت انقلابى ملت ايران و براى پيشاهنگى و پيشقراولى، احساس تكليف نكند و نقش درجهى يك را در كار انقلاب نداشته باشد، دانشگاهى نيست كه اميدبخش و تضمينكنندهى آينده و مورد نظر امام (ره) باشد."
نظرات آیت‌الله خامنه‌ای در دوره ریاست‌جمهوری هاشمی‌رفسنجانی و سیدمحمد خاتمی چندان جدی گرفته نشد. اما با آغاز به‌کار دولت محمود احمدی‌نژاد که نظرش به نظر رهبر نزدیک‌تر بود، گفته می‌شد که زمینه تحول در دانشگاهها فراهم شده است. حدود دو سال پس از ریاست‌جمهوری احمدی‌نژاد حتی شایعاتی از احتمال "انقلاب فرهنگی دوم" و تعطیلی دوباره دانشگاهها به گوش می‌رسید. در آ ذرماه ۱۳۸۶، آیت‌الله مصباح‌یزدی در دیدار با زاهدی، وزیر وقت علوم با انتقاد از عدم پيشرفت در زمینه "اسلامی شدن دانشگاهها" گفت: "می‌خواهند دانشگاه را جايگزين حوزه کنند تا دين از جامعه حذف شود." وزیر علوم نیز وعده داده بود که ظرف پنج سال آينده دانشگاه‌های کشور را اسلامی کند تا "به جايی برسيم که هنگام ورود به دانشگاه حس کنيم به يک دانشگاه اسلامی قدم گذاشته‌ايم."
زاهدی البته وزیر نماند تا به وعده خود عمل کند، اما طرح اسلامی کردن دانشگاه رها نشد. در سال ۱۳۸۸، با اوج‌گیری بحران انتخاباتی، آیت‌الله خامنه‌ای طی سخنانی خواستار تغییر سیاست‌های آموزشی در دانشگاهها شد. هشتم شهریورماه ۱۳۸۸ او طی سخنانی از تحصیل "حدود دو میلیون دانشجو از سه‌میلیون و نیم دانشجوی كشور در رشته‌های علوم‌انسانی" ابراز نگرانی کرد و گفت: "اين نگران‌كننده است. بسيارى از مباحث علوم‌انسانى، مبتنى بر فلسفه‌‌‌‌‌‌‌‌‌هائى هستند كه مبنايش ماديگرى است، مبنايش حيوان انگاشتن انسان است، عدم مسئوليت انسان در قبال خداوند متعال است، نداشتن نگاه معنوى به انسان و جهان است. خوب، اين علوم انسانى را ترجمه كنيم، آنچه را كه غربى‌‌‌‌‌‌‌‌‌ها گفتند و نوشتند، عيناً ما همان را بياوريم به جوان خودمان تعليم بدهيم، در واقع شكاكيت و ترديد و بى‌‌‌‌‌‌‌‌‌اعتقادى به مبانى الهى و اسلامى و ارزشهاى خودمان را در قالبهاى درسى به جوانها منتقل كنيم؛ اين چيز خيلى مطلوبى نيست. اين از جمله‌‌‌‌‌‌‌‌‌ى چيزهائى است كه بايستى مورد توجه قرار بگيرد؛ هم در مجموعه‌‌‌‌‌‌‌‌‌هاى دولتى مثل وزارت علوم، هم در شوراى عالى انقلاب فرهنگى، هم در هر مركز تصميم‌‌‌‌‌‌‌‌‌گيرى كه در اينجا وجود دارد؛ اعم از خود دانشگاهها و بيرون دانشگاهها."
چند روز بعد حمیدرضا آیت‌اللهی رئیس وقت پژوهشگاه علوم انسانی خبر داد که این پژوهشگاه مامور بازنگری علوم انسانی شده است. او گفته بود که بسیاری از سرفصل های درسی علوم انسانی "در جهت فرهنگ ایرانی ـ– اسلامی" نیستند و همین امر تجدید نظر در سرفصل‌ها را ضروری ساخته است.
آیت‌الله خامنه‌ای در سال‌های بعد سخنان خود را پی‌گرفت. او یک‌سال بعد در دیدار با طلاب حوزه قم، دلایل روشن‌تری برای نگرانی‌اش از علوم‌انسانی بیان کرد و گفت: "اينكه بنده درباره علوم‌انسانى در دانشگاهها و خطر اين دانش‌هاى ذاتاً مسموم هشدار دادم - هم به دانشگاهها، هم به مسئولان - به خاطر همين است. اين علوم انسانى‌اى كه امروز رائج است، محتواهائى دارد كه ماهيتاً معارض و مخالف با حركت اسلامى و نظام اسلامى است؛ متكى بر جهان‌بينى ديگرى است؛ حرف ديگرى دارد، هدف ديگرى دارد."
اکنون رئیس پژوهشگاه علوم‌انسانی خبر داده است که سرفصلهای جدید دروس علوم انسانی برای تدریس در سال ۹۳ آماده شده‌اند. نوزدهم آذرماه گذشته آیت‌الله خامنه‌ای در دیدار با اعضای شورای عالی انقلاب فرهنگی خواستار تسریع در کار شده و گفته بود: "مسئله علوم انسانى هم مسئله ديگرى است كه خيلى مهم است. البتّه آقاى دكتر حدّاد - مثل اينكه نيستند امروز اينجا - يك گزارش مفصّل و خوبى به من دادند در مورد كارهايى كه در زمينه‌ى علوم انسانى در هياتى كه ايشان مسئول آن هستند انجام گرفته، كه خب بعضى از دوستان هم از نداشتنِ خروجى اين كار گله‌مندند و شكايت ميكنند، كه اينها در جلسه شورا بايد مطرح بشود."
محافظه‌کاران تندرو پس از انتخاب حسن روحانی بیشترین فشار را بر وزارت علوم وارد کردند. در آبان گذشته، محمدمهدی زاهدی وزیر سابق علوم و نماینده کنونی مجلس تاکید کرده بود: "یکی از مطالبات جدی مجلس از وزیر بعدی علوم تحول در علوم انسانی است و وی باید بحث تحق علوم انسانی اسلامی و اسلامی شدن دانشگاه ها را دردستور کار خود قراردهد."
اما حسن روحانی در همان سخنرانی که منتقدان قرارداد ژنو را «بی‌سواد» نامید، اشاره دیگری هم داشت که اعتراض‌هایی برانگیخت. او گفته بود: "علم، مرز نمی‌شناسد، تحقیق، خط قرمزهایی را که امروز در جامعه ما معمول است نمی‌شناسد. خط قرمز تحقیق و علم، منافع و مصالح ملی است؛ این خواست و نیاز مردم است و اینها برخی خط قرمز نیست، خط راهنماست."
روحانی پرسیده بود: "چرا در علوم انسانی پیشرفت نمی‌کنیم؟ چرا در ژنتیک و شبیه‌سازی و انرژی‌های نو پیشرفت می‌کنیم و در علوم انسانی و حقوق و اقتصاد و علوم اجتماعی پیشرفت نمی‌کنیم؟ چرا صاحب نظریه نیستیم؟ چرا در طب و شیمی پیشرفت می‌کنیم؟ [چون] در شیمی، فیزیک و پزشکی خط قرمز ندارید و راحتید اما در علوم سیاسی که می آیید خط قرمز دارید."
یکی از سایت های منقد دولت با اشاره به سخنان حسن روحانی نوشت: "اگر این سخنان که در سایت‌ها و خبرگزاری‌ها منتشر شده است درست باشد و تکذیب نگردد مایه بسی تاسف است که رئیس جمهور حقوقدان که از علوم انسانی اطلاع کافی و وافی دارد این گونه بی‌محابا سخنانی بر زبان می‌راند.[...] جمهوری اسلامی در ۳۳ سال گذشته هرگز محدودیتی در آموختن علوم انسانی غربی در دانشگاهها و مراکز علمی ایجاد نکرده است و خطوط قرمزی در این راستا وجود ندارد."
روزنامه کیهان نیز در یادداشتی با عنوان " انتظار این بود و هست" ضمن اشاره به سخن رئیس‌جمهوری اسلامی درباره خطقرمز علوم انسانی نوشته بود: "آقای دکتر روحانی شما بهتر می‌دانید که تمامی علوم‌اسلامی و از جمله علوم انسانی ( به مفهومی که مخاطب از فرمایشات شما برداشت می‌کند) خط قرمز ندارد. علوم انسانی مبتنی بر اسلام کمال‌گراست نه پوچ‌گرا و حاصل آن علامه حسن‌زاده‌ها و علامه جوادی‌آملی‌ها و شهید مطهری‌ها و شهید مفتح‌ها ".
این روزنامه افزوده بود: "اما خط قرمز واقعی در علوم انسانی ما برای پیشگیری از ورود دیدگاه‌های سکولار، اومانیستی، التقاطی، انحرافی، شرک‌آمیز و الحادی است نه دیدگاه‌های دقیق و صحیح و مبتنی بر عقل سلیم و فطرت پاک".
