روز شنبه يك روز پس از سخنان رهبر ايران، روابط عمومي دادگستري استان تهران اعلام کرد که شرکت کنندگان در کنفرانس برلين به دنبال تشکيل پرونده اي در دادگستري به دادگاه احضار شده‌اند. آنروز سيد محمد خاتمي رئيس جمهوري نيز در جمع وزير و کارکنان وزارت علوم طي سخناني تأکيد کرد: «اصلاح، پاسداري از ارزش هاي ديني و انقلابي و دستاوردهاي بزرگ انقلاب است و دفاع از ارزش ها و دين به معناي نشناختن حقوق و آزادي هاي مردم نيست.» خاتمي كه گويي پاسخ سخنان مقام هاي ارشد محافظه کار را مي‌داد، با طرح اين پرسش که چرا ذهن جامعه مؤمن تحريک مي شود که دين از بين رفت، گفت: «چرا زمينه‌سازي مي شود تا جامعه به نام دفاع از ارزش ها به سوي بي‌قانوني و خشونت سير کند؟» او با اشاره به حوادث دوران انتخابات رياست جمهوري هفتم، گفت: «جرياني که پايگاهش معلوم و وظيفه اش حفظ امنيت کشور بود، علني اين نظر را مطرح کرد که با آمدن خاتمي هم اسلام و هم امنيت از بين خواهد رفت و آن را به شدت ترويج کردند. آيا بسياري از بحران سازي‌هاي امروز ادامه آن حرکت نيست که طوري وانمود کنند که دين و اسلام از بين رفت.»

خاتمي سپس به ماجراي کنفرانس برلين اشاره کرده و گفت: «به هيچ وجه با کار صداوسيما موافق نبودم که مسأله را به اين نحو مطرح کند که موجب تحريک احساسات و نگراني بيش از حد بخش‌هاي مؤمن جامعه و کساني که خواستار عظمت کشور هستند، بشود.» وي با تأکيد بر اينکه آنچه در برلين نيز رخ داد قابل قبول نيست، گفت: «از آغاز انقلاب، از زمان حضرت امام (قدس) تاکنون دهها نشست و سمينار با انگيزه هاي مختلف که نوعاً براي تحريف انقلاب و دستاوردهاي آن بوده برگزار شده و حرف هاي بي ربطي هم زده شده است و شنيده ام در کنفرانس برلين هم حرف هاي بد و نامناسبي زده شد و برخي حرف هاي خوب و معقول هم زده اند، آيا بناست هر چه در آرشيوهاست بيرون بکشند و نشان بدهند؟» [روزنامه ايران – چهارم ارديبهشت 1379]

بعدازظهر آن روز نيز اکبر گنجي که به تازگي از کنفرانس برلين برگشته بود به دادگاه مطبوعات رفت تا به شکايت شاکيانش از حفاظت اطلاعات نيروي انتظامي، معاونت اطلاعات نيروي انتظامي، ستاد احياي امر به معروف و نهي از منکر، ستاد مشترک سپاه پاسداران، وزارت اطلاعات و روزنامه کيهان پاسخ دهد. گنجي قبل از ورود به دادگاه در مصاحبه با خبرنگاران در حالي که به شدت سرفه مي کرد، گفت: «اظهاراتم در کنفرانس برلين عليه حزب کمونيست کارگري و منافقين بوده است و صداوسيما اگر به دنبال حقايق است بايد متن کامل سخنراني ام را پخش کند.» او با دفاع از اظهاراتش در کنفرانس برلين، صداوسيما را متهم ساخت که اطلاعات دروغين در اختيار مردم قرار داده است و وعده داد که فيلم کامل کنفرانس برلين، به زودي از طريق شبکه مطبوعاتي در اختيار مردم قرار بگيرد.وي افزود: «من براي شرکت در هر مناظره اي آماده ام و متن کامل اين فيلم مشخص مي کند که چقدر آنان دروغ گفته اند. ما مي دانيم در کنفرانس برلين چه گفته ايم و مطمئن هستيم که در اين مورد چيزي عايدشان نخواهد شد.»

گنجي آن روز با حکم سعيد مرتضوي، قاضي دادگاه مطبوعات بازداشت شد و به زندان رفت. در حالي که ماجراي برلين ابعاد گسترده اي يافته بود، وزارت ارشاد کوشيد تا با دعوت از روزنامه ها براي بررسي دغدغه هاي رهبري از ايجاد بحراني ديگر در عرصه مطبوعات جلوگيري کند. ليکن اين تمهيدات فايده اي نداشت. يکي از روزنامه هاي محافظه کار در يادداشتي با عنوان «مشکل اصلي خود وزير است» اين اقدام وزارت ارشاد را تخطئه کرده و نوشت: «ماجرا اين است که مشکل مطبوعات را خود آقاي وزير ارشاد به وجود آورده است. روزنامه هايي که به فرموده رهبر معظم انقلاب، پايگاه دشمن شده‌اند و عليه مصالح نظام و انقلاب عمل مي‌کنند و به شارلاتانيسم مطبوعاتي متوسل مي‌شوند و کشور را دچار تفرقه و هرج و مرج مي‌کنند، در زمان همين آقاي وزير ارشاد و از رهگذر سياست مطبوعاتي ايشان به وجود آمده‌اند و با حمايت هاي ايشان به کار خود ادامه مي‌دهند. وضعيت فرهنگ و هنر کشور نيز که به مراتب بدتر از مطبوعات است، محصول سياست هاي همين آقاي وزير است. بنابر اين، مشکل اصلي، خود وزير است و اگر ايشان کرسي وزارت را رها کند، راه براي حل اين مشکل هموار خواهد شد.» [روزنامه جمهوري اسلامي – سوم ارديبهشت 1379]

از روز يکشنبه، چهارم ارديبهشت 1379 موج توقيف مطبوعات آغاز شد. در ابتدا روزنامه هاي عصرآزادگان و فتح و مجله ايران فردا به دستور صارمي رئيس شعبه 1408 مجتمع قضائي رسيدگي به جرايم کارکنان دولت توقيف شدند. در سه نامه که از سوي اين شعبه خطاب به مدير کل مطبوعات داخلي ارسال شده است، خواسته شده بود تا اطلاع ثانوي از انتشار اين نشريات جلوگيري به عمل آيد. در حکمي ديگر روزنامه آفتاب امروز نيز توقيف شد. همان روز لطيف صفري مديرمسئول روزنامه توقيف شده نشاط روانه زندان گرديد. روز بعد نشريات پيام آزادي، آريا، آزاد، گزارش روز، بامدادنو و هفته نامه‌هاي پيام هاجر، آبان و ارزش نيز توقيف شدند.

همچنين در آن روز روزنامه هاي صبح امروز و مشارکت نيز توقيف شدند. توقيف نشريات از اين پس به رويه اي عادي در دستگاه قضائي مبدل شد و طي ماههاي بعد ده‌ها نشريه به محاق توقيف رفتند. از جمله مهمترين نشرياتي که در چند هفته پس از آن توقيف شدند، روزنامه هم ميهن و هفته نامه جبهه بودند. البته نمايش توقيف هفته نامه‌ي بنيادگراي جبهه بيشر به طنزي تلخ شبيه بود. گويا در مقابل ده‌ها نشريه رفورميست يك نشريه "سرکش" آن طرف هم بسته شد تا گفته شود عدالت برقرار است!