هنوز چند روزي از دستگيري متهمان به ترور حجاريان نگذشته بود که با فشار دادگستري تهران و کشمکش هاي بسيار پرونده از وزارت اطلاعات گرفته شده و در اختيار دادگاه انقلاب قرار گرفت. مسئول پيگيري پرونده ترور در وزارت اطلاعات طي گفتگويي با خبرگزاري جمهوري اسلامي ايران تأکيد کرد: «بر اساس نظر و اصرار رئيس کل محترم دادگستري تهران و قاضي ويژه، متهمين پرونده ترور آقاي سعيد حجاريان به طور کامل در اختيار شعبه 32 دادگاه انقلاب تهران قرار گرفتند». اين مقام مسئول تاکيد داشت: «وزارت اطلاعات معتقد است، پرونده در وضعيت فعلي آمادگي تحويل به دادگاه را نداشت اما رئيس کل محترم دادگستري تهران و قاضي ويژه پرونده معتقدند همه ابعاد و زواياي پرونده روشن است. مقام قضائي ياد شده طي نامه‌اي رسمي از وزارت اطلاعات خواست کليه متهمين، اوراق بازجويي و ساير مدارک موجود تحويل شعبه 32 دادگاه انقلاب شود.» مسئول پيگيري پرونده ترور حجاريان در وزارت اطلاعات همچنين خبر داده بود: «طي 12 روز گذشته نيز 6 بار متهمين از اختيار وزارت اطلاعات خارج و ساعت ها در دادگاه انقلاب مورد بازجويي قرار گرفته اند وهم اکنون متهمين بر اساس نظر قاضي ويژه به بازداشتگاه جديد منتقل شده اند.» او ارائه هرگونه اطلاعات بيشتر در خصوص روند پيگيري پرونده توسط وزارت اطلاعات و نتايج حاصله تا اين مرحله را به آينده موکول کرده بود. [روزنامه ايران - هفدهم فروردين 1379]

همان روز روابط عمومي دادگستري تهران با انتشار اطلاعيه‌اي جديدگزارشي از روند رسيدگي به پرونده ترور را اعلام کرد. در اين گزارش دو نکته حائز اهميت وجود داشت. اول آنکه در بند 4 اطلاعيه تاکيد شده بود: «در تاريخ 22/12/78 حدود ساعت 8:30 دقيقه که ترور آقاي حجاريان انجام شد بيان دونکته حائز اهميت است؛ اولاً يکي از عوامل ترور به نام محمدعلي مقدمي که وظيفه اش دادن نامه و متوقف کردن آقاي حجاريان بود با در دست داشتن دو نامه از آقايان حکيمي پور و دکتر حميد اسماعيلي و ارائه آن به آقاي حجاريان ايشان را متوقف و ترور توسط آقاي سعيد عسگر با شليک گلوله انجام مي گيرد و متعاقب آن آقاي محمدعلي مقدمي به اتفاق آقايان حکيمي پور و طباطبائي دو تن از اعضاي شوراي شهر تهران مضروب را به بيمارستان منتقل مي‌کنند. ثانياً عصر همان روز آقاي محمدعلي مقدمي توسط آقاي حکيمي پور به شوراي شهر تهران دعوت شد. نامبرده مشاهدات خود را از صحنه ترور بدون هيچگونه اشاره اي به نقش خود بيان داشته که از اظهارات وي نواري نيز تهيه و ضبط شده است.»

همچنين در بند نهم اطلاعيه مزبور نيز آمده بود: «ضمناً براي پيشگيري از هرگونه احتمال متصور و جلوگيري از گرفتن اقارير از راه هاي غيرقانوني مانند تعزير، تهديد و اعمال فشار (چنانچه در يک مورد انجام گرفته است) متهمان به مکان مطمئني انتقال يافته و زير نظر قاضي شعبه کماکان بازجوئي‌هاي اطلاعاتي و تحقيقاتي قضائي ادامه يافته و همه گونه تسهيلات جهت بازجويي‌هاي وزارت اطلاعات آماده مي‌باشد و هيچگونه اختلالي در روند بازجويي و تکميل و اتقان اطلاعات به وجود نيامده و قاضي هيچگونه پيش شرطي جهت بازجويي اطلاعاتي قائل نشده است.» [روزنامه رسالت –هفدهم فروردين 1379] اشاره اين اطلاعيه مبني بر در دست داشتن نامه عضو شوراي شهر توسط يکي از عوامل ترور، چند روز بعد منجر به دستگيري احمد حکيمي پور عضو شوراي شهر تهران شد.(که البته نهايتاً تبرئه گرديد.) مورد دوم نيز که در آن وزارت اطلاعات تلويحاً متهم به شکنجه شده بود جنجالي جديد برپا کرد.

وزير اطلاعات طي نامه اي به رئيس جمهور، نسبت به اين مسأله به شدت اعتراض کرد و در نامه خود نوشت: «همانگونه که استحضار داريد علي‌رغم توافقات قبلي، متهمين و پرونده ترور آقاي حجاريان به صورت ناتمام از وزارت اطلاعات گرفته شد و وزارت اطلاعات موفق نشد به وظايف قانوني و ذاتي خود عمل کند. در اطلاعيه دادگستري به دور از انتظار و واقعيت، ايراد تعزير و ضرب و شتم احدي از متهمان، به نحوي به وزارت اطلاعات نسبت داده شد که اين مسأله باعث تشويش اذهان عمومي و کارکنان خدوم اين وزارتخانه گرديد. با عنايت به اشراف حضرتعالي بر عملکرد وزارت اطلاعات و التزام اين مجموعه بر قانونمداري و رعايت مسائل اخلاقي و شرعي، تقاضا داريم که از موضع مسئول و ناظر بر اجراي قانون اساسي، گروهي را براي بررسي موضوع مأمور فرماييد اگرچه معاون محترم اول قوه قضائيه جناب حجت الاسلام والمسلمين آقاي مروي مسأله را به طور کامل بررسي کرده و به نتيجه قطعي هم رسيده‌اند. توفيق بيش از پيش جنابعالي را از خداوند متعال خواهانم.» [روزنامه همشهري – هجدهم فروردين 1379] اشاره وزير اطلاعات به معاون اول قوه قضائيه از آن جهت بود که در آن زمان بر اساس تحقيقات او مشخص شده بود که شکنجه يکي از متهمان که ظاهرا ارتباط سازماني با ديگر متهمان نداشته و طعمه آنان شده بود؛ در زماني اتفاق افتاده که وي را در اختيار دادگاه انقلاب قرار داده بودند.

آن روز در جلسه شوراي شهر تهران نمايندگان عضو شورا ضمن تأکيد بر اينکه ترور حجاريان محفلي نبوده و سازماندهي شده است، نسبت به اتهامات وارد شده بر احمدحکيمي پور اعتراض کردند. از طرفي آيت الله سيد محمود هاشمي رئيس قوه قضائيه طي نامه اي به آيت الله هادي مروي معاون اول خود، مأموريت داد که درباره تعزير يکي از متهمان ترور حجاريان تحقيق کند. البته مروي پيش از آن نيز بي آنکه اطلاعيه رسمي منتشر شود چنين کاري کرده بود.چند روز بعد سيدمحمد خاتمي رئيس جمهور با اشاره به تأکيد وزير اطلاعات درباره کشف عامل شکنجه مورد ادعا طي نامه اي به رئيس قوه قضائيه نوشت: «اميدوارم با کشف ماوقع و برخورد قاطع با عامل يا عوامل آن، در هر سمت و رده و وابسته به هر دستگاه، و اعلام مناسب و به موقع آن به ملت شريف ايران و مهمتر از آن، نشان دادن عزم همه ارکان نظام براي مقابله دائمي با اين پديده زشت، حتي شائبه وجود شکنجه که طبق موازين اسلامي و نص قانون اساسي به شدت ممنوع است براي هميشه از ميان برداشته شود و جامعه، با امنيت و اعتماد بيشتر از حقوق خود پاسداري و به وظايف خود عمل کند.» خاتمي اضافه کرده بود:« در مورد اصل پرونده نيز، اينک که پيگيري امر در همه مراحل، از بازجويي تا صدور حکم در حيطه مسئوليت مستقيم قوه قضائيه است، براي جنابعالي و متصديان محترم پيگيري، آرزوي موفقيت مي کنم و اميدوارم هرچه زودتر و بدون آنکه دقت فداي سرعت شود، با بيطرفي کامل و بدون تأثر از القائات و تحليل ها و تلاش هاي جناحي و سياسي، مسئولان ذيربط بتوانند اين فتنه را که حيات پاک جامعه را تهديد مي کند بشناسند و با آن برخورد کنند و با توجه به اينکه حادثه پيش آمده بيش و پيش از آنکه جنايي باشد، امنيتي – سياسي است و پيچيدگي خاص خود را دارد عزيزان با نگاه همه جانبه به يافتن ريشه هاي فتنه بپردازند.» [روزنامه عصرآزادگان – بيست و يکم فروردين 1379]

نامه خاتمي حاوي سه نکته مهم است. اول آنکه تعزير، يا با عبارت صريحتر خاتمي، شکنجه را نفي کرده و آرزوي روزي را مي کرد که براي هميشه اين پديده ريشه کن شود. به اين ترتيب تلويحا اعلام ميکرد که هنوز اين پديده وجود دارد. ديگر آنکه تأکيد داشت مسئوليت پرونده به طور کامل به قوه قضائيه سپرده شده است و سوم آنکه ترور حجاريان را امري سياسي – امنيتي قلمداد مي کرد و نه حادثه اي جنايي. بعدها دادگاه متهمان ترور تنها وظيفه خود را «فصل خصومت» که امري شخصي است عنوان کرد و به وجه سياسي – امنيتي ترور توجه ننمود.