پس از آنکه وزير اطلاعات از هويت ضارب حجاريان که جواني بنام سعيد عسگر بود خبر داد و عمل او را خودسرانه دانست، اکبر گنجي، طي گفتگويي با خبرگزاري دانشجويان ايران درباره خودسر خواندن و انگيزه شخصي داشتن ضاربان حجاريان گفت: "بيان اين سخن از سوي آقاي يونسي که تروريست ها انگيزه شخصي داشته اند دور از شأن وزير اطلاعات است. انگيزه شخصي در مواقعي وجود دارد که طرفين يکديگر را مي شناسند و يکي حق ديگري را ضايع کرده باشد. مثلاً پول يا زمين ديگري از چنگ او در آورده باشد يا در جايي با اعمال نظر يا شهادت کذب حق او را ناحق کرده باشد. اما در مورد اخير، تروريست ها اساساً هيچ آشنايي قبلي با سعيد حجاريان نداشته اند و نزاع و خصومت شخصي اساساً در کار نبوده است. اينان يک «محفل عملياتي» شناخته شده بودند که قبلاً عمليات زيادي انجام داده بودند. احتمالاً نظريه پردازان «قتل عام درماني»، ترور سعيد حجاريان را به «شاخه نظامي» سفارش داده اند. لذا نبايد نگاه ها را به چند تروريست و محفل آنها معطوف کرد بلکه بايد عقبه جنايتکاران را پي گرفت. جنايتکاران اصلي افرادي هستند که خشونت را در منابر علني تئوريزه و در محافل خصوصي با ذکر نام مصاديق سخنان خود را روشن مي کنند."

اين خبر که گروه تروريستي مزبور "محفل عملياتي" شناخته شده‌اي بوده‌اند که قبلاً عمليات زيادي انجام داده‌اند، آن روزها در گزارش مفصلي که روزنامه مشارکت چاپ کرد، نيز منشر شد. گنجي در همان گفتگو ودر پاسخ به اين پرسش که چرا پرونده هايي چون قتلهاي زنجيره اي و ترور حجاريان پايان قابل قبولي ندارد، گفت: "در جامعه ما متأسفانه يک گرايش فکري از ابتداي انقلاب تا کنون بر دستگاه امنيتي – قضائي حاکم بوده است. دانش آموختگان مدرسه حقاني - شاگردان آقاي مصباح يزدي - کنترل اين نهادها را در اختيار داشته‌اند. از چهار وزير اطلاعات، سه تن از آنها از دانش آموختگان مدرسه حقاني‌اند. دادگاه ويژه روحانيت در اختيار آنهاست. آقاي رهبرپور رئيس دادگاه انقلاب يکي از دانش آموختگان مدرسه حقاني است. دادگستري تهران تا اين اواخر در دست آنها بود. اينها نگاه خاصي به دين، انقلاب و نظام دارند؛ اين نگاه مقبوليت اجتماعي ندارد و مردم بارها به آنان «نه» گفته اند."

گنجي سپس خبر مهم ديگري را افشا کرد. او گفت: "آقاي مصباح يزدي دو ماه و نيم پيش (بهمن 78) در ديدار با مديرکل اطلاعات قم سخنان بسيار مهمي ايراد کرده و در آن از افرادي نام برده است. ايشان در اين ديدار نکات مهمي درباره آقاي خاتمي و آقايان محسن کديور، عبدالله نوري، محمد مجتهد شبستري و عبدالکريم سروش ذکر کرده‌اند. درخواست من به عنوان يک روزنامه نگار از آقاي يونسي آن است که متن کامل سخنان آقاي مصباح يزدي را منتشر کند تا مردم دقيقاً بفهمند اين آقايان در جلسات خصوصي چگونه با ذکر نام دقيقاً اغراض خود را برملا مي کنند. از طرف ديگر بايد پرسيد آقاي مصباح چه کاره‌اند که به مديرکل اطلاعات تحليل و رهنمود مي‌دهند." گنجي همچنين گفت: "تحول در وزارت اطلاعات از طريق تغيير ديدگاه ها و نگرش ها و تغيير مديريت به مديران معتقد به اصلاحات امکان پذير است. مديريت هاي وزارت اطلاعات نياز به تغيير دارد. آنها حتي آقاي «ب» را تحمل نکردند و به جاي او آقاي «م» را به سر کار آوردند که اين حکايت از بسيار چيزها داشت. جانشين وزير اطلاعات دولت اصلاح طلب و پاسخگو نمي‌تواند يکي از همکاران بسيار نزديک علي فلاحيان باشد. آنها به شيوه و روش‌هايي اعتقاد دارند که دورانش گذشته است. از طرفي ديگر اظهارات آقاي يونسي درباره پرونده ترور سعيد حجاريان غيرقابل قبول است و با هيچ منطقي سازگار نيست. در پرونده قتل هاي زنجيره اي هم اگر رسيدگي منتهي به دستگيري شاه کليد نشود، بايد آن را نشانه يک گرايش فکري دانست که دستگيري شاه کليد را نوعي خودزني قلمداد مي کند." [روزنامه همشهري –دهم فروردين 1379] سخنان گنجي و انتشار آن در روزنامه‌ها نشان مي‌داد که با ترور حجاريان هنوز کار يکسره نشده است. اگرچه بسياري از اين اخبار در محافل سياسي منتشر مي‌شد اما اهميت کار گنجي در عمومي کردن همان اخبار محافل بود. خصوصا پس از ترور حجاريان به نظر مي‌رسيد که رويارويي رفورميستهاي راديکال ايران با بنيادگرايان به روزهاي پاياني خود نزديک مي‌شود.

در همان ايام اظهارات آيت الله مصباح يزدي نيز منتشر شد که گفته بود: "تساهل و تسامح ما را بي‌غيرت کرده است. ما موظفيم در موقعيت‌هاي اجتماعي خود وظايف‌مان را خوب تشخيص دهيم، اما گاهي محاسبه آن مشکل است و آدم نمي‌داند چه کار کند تا به نفع اسلام باشد." آيت الله مصباح يزدي خطاب به طلاب قم در يک جلسه عمومي گفته بود: "شما مصمم باشيد و به وظيفه خود عمل کنيد ولو به قيمت شهادت باشد و اين روحيه شهادت طلبي را در بين مردم تقويت کنيد. زماني که روحيه شهادت طلبي در بين مردم وجود داشت، وقتي امام اشاره مي‌کرد آنقدر بسيجي در جبهه‌ها حضور مي‌يافت که امکان سازماندهي آنان وجود نداشت، اما امروز با ترويج روحيه تساهل و تسامح، غيرت ما را گرفتند. مبادا روحيه شهادت طلبي را رايگان از دست بدهيم و در دام کساني که تساهل و تسامح را ترويج مي کنند بيفتيم."

اظهارات علني مصباح يزدي مشخص کرد که برنامه بنيادگرايان به پايان نرسيده است. سخنان او اعتراضهاي تندي هم برانگيخت.از جمله محمدرضا خاتمي گفته بود: "متأسفانه موضع‌گيري‌هايي که مروجين خشونت بعد از ترور سعيد حجاريان کردند، ما را از اينکه اين آقايان به خود بيايند و از عملکرد خود دست بردارند، نااميد کرد. بعد از ترور حجاريان، اين آقايان يا سکوت کردند و يا بر مواضع قبلي خود تأکيد نمودند، که اين امر نگشران کننده است. البته با توجه به عقلانيتي که در گروههاي سياسي مي بينيم، اميدواريم که اين مروجين رسمي خشونت روزبه روز منزوي‌تر شوند." وي پيش‌بيني کرد: "اگر اين افراد همچنان از برخي حمايت هاي رسمي و غيررسمي برخوردار باشند، متأسفانه بايد منتظر بروز خشونت هاي ديگري در آينده باشيم."