آخرين کارشکني شوراي نگهبان در آستانه انتخابات جلوگيري از ماشيني شدن شمارش آرا بود. در آن زمان بر اساس برنامه دولت خاتمي قرار بود که شمارش آراي انتخاباتهاي پس از آن بصورت ماشيني انجام شود تا امکان تقلب در آن کاهش يابد. براي آغاز اين برنامه نيز بعنوان نمونه قرار بود که شمارش آراي انتخابات مجلس در تهران به صورت کامپيوتري انجام شود، ليکن تنها سه روز مانده به انتخابات؛ شوراي نگهبان با ارسال نامه اي به وزارت کشور خواستار شمارش دستي آرا شد. در نامه احمد جنتي دبير شوراي نگهبان به موسوي لاري وزير کشور تاکيد شده بود که چون "شمارش دستي مجرب در دوره هاي گذشته اطمينان بخش تر از شمارش ماشيني تجربه نشده براي شوراي نگهبان است" بنابراين شمارش ماشيني آراء منتفي خواهد بود.

روز قبل از انتخابات رئيس جمهور در يک پيام راديو تلويزيوني همه مردم را به حضور فعال در انتخابات فراخواند و گفت: "ملت با انتخاب فراگير خود نه تنها اراده اش را در عرصه حاکميت ابراز و استوار مي کند، بلکه به رئيس جمهور و دولت متنخب خود براي رسيدن به اهداف والاي ملت و وعده هايي که داده شده است بيشترين کمک را خواهد کرد."

روز جمعه 29 بهمن 78، بالاخره ششمين دوره انتخابات مجلس برگزار شد. حضور کم سابقه مردم که تا چند ساعت پس از پايان وقت قانوني انتخابات نيز براي رأي دادن در شعبه هاي مختلف اخذ رأي حاضر مي‌شدند نشان مي‌داد که اتفاقي جديد در حال وقوع است. اتفاقي که آيت‌الله يزدي نيز آن را احساس کرده و در نماز جمعه همانروز در خصوص انتخابات مجلس ششم با "شهادت دادن" بر اين که "شوراي نگهبان به هيچ وجه با هيچ جناحي و حزبي ارتباط ندارد"، با اشاره به اظهارات رئيس جمهوري آمريکا در ارتباط با انتخابات ايران، گفت: "کلينتون از آن سوي دنيا مي‌گويد شوراي نگهبان ردصلاحيت کرده است و ادعا مي‌کند اين ضربه است به اصلاح طلبان، کلينتون! به چه چيزي فکر مي‌کنيد؟ خيال مي‌کنيد آمريکا هنوز يک قدرت منحصري است که مي‌تواند بر همه دنيا حکومت کند؟ گذشت آنروزها که حکومت تک قدرتي بود. کشور ما در شرايط کنوني که به قول شما اصلاح طلبان درصدد اصلاح هستند و شما به اصلاح‌طلبان چشم دوخته‌ايد، بدانيد که همين اصلاح‌طلبان هيچگاه حاضر نيستند که به بيگانه اجازه بدهند بيايد و در کشورشان دخالت بکند". [روزنامه همشهري- سي‌ام بهمن 1378]

روز بعد آيت الله خامنه‌اي مطابق معمول طي پيامي انتخابات 29 بهمن را هم حماسه ملي ناميد. [روزنامه رسالت–يکم اسفند ماه 1378] رئيس جمهور نيز در پيامي ديگر انتخابات را پيروزي ملت ايران ناميد.

از روز يکشنبه اول اسفندماه در حالي که آرام آرام نتايج رأي مردم در بعضي شهرستانها اعلام مي‌شد نگراني‌هاي بنيادگرايان افزايش مي‌يافت. اوائل اسفند سيدمصطفي تاج زاده رئيس ستاد انتخابات کشور طي سخناني اطمينان داد که مردم نگران جابجا شدن آراي خود در انتخابات نباشند و افزود: "وزارت کشور با علم به مشکلات شمارش دستي آرا و با آگاهي از اشتياق مردم از اطلاع هر چه سريعتر از نتايج انتخابات، به منظور دقت و سرعت بيشتر، برآن بود که شمارش آراي تهران را به روش دستگاههاي رايانه اي انجام دهد که در اينصورت ظرف 24 ساعت نتايج انتخابات اعلام مي‌شد. با اين حال و با وجود تمهيدات انجام شده در اين خصوص، نهايتاً حسب نظر شوراي نگهبان مقرر شد شمارش آراي حوزه انتخابيه تهران به روش دستي صورت گيرد." تاج زاده با بيان اين مطلب که در تهران تعداد نامزدها تقريباً دوبرابر انتخابات گذشته است و تعداد شرکت کنندگان در انتخابات هم نسبت به انتخابات گذشته بيشتر است گفت: "با توجه به اينکه طبق اطلاعات واصله بطور متوسط اسامي نامزدهايي که بر روي تعرفه هاي رأي درج شده است تقريباً دوبرابر انتخابات مجلس پنجم است، کار شمارش آراء اندکي به طول مي‌انجامد." او وعده داد که نتايج انتخابات تهران تا پايان هفته اعلام شود. همانروز نخستين نتايج شمارش آراي تهران نيز منتشر شد. پيروزي قاطع اصلاح‌طلبان در اين انتخابات با مشارکت بي‌سابقه مردم بدست آمده بود. در اين نتايج چند نکته حائز اهميت وجود داشت. اول آنکه سيدمحمدرضا خاتمي برادر رئيس جمهور و از اعضاي جبهه مشارکت نفر اول تهران بود و عليرضا نوري برادر عبدالله نوري نفر دوم تهران. ديگر آنکه علي‌اکبر هاشمي‌رفسنجاني در انتهاي جدول قرار داشت و حتي ممکن بود در جمع سي نفر نهايي قرار نگيرد. بالاخره آنکه عليرضا رجايي نامزد مورد حمايت نيروهاي ملي‌مذهبي و مطبوعات موفق به کسب آراي لازم براي ورود به مجلس شده بود.

اين ليست در روزهاي آينده تفاوت چنداني نکرد و با گذشت زمان هاشمي رفسنجاني تا رتبه سي‌ام پايين رفت. حتي در اينباره که او نفر سي ام تهران است يا علي اکبر رحماني اختلاف نظري جدي وجود داشت. گفته مي‌شد از آنجا که از حوزه تهران دو نفر با نام رحماني شرکت کرده‌اند و تنها علي اکبر رحماني نامزد مورد حمايت جبهه مشارکت، شهرت بيشتري داشت در شمارش آراء نام رحماني بين آن دو تن تقسيم شده بود. علي اکبر رحماني معتقد بود که در بسياري از حوزه ها رأي او به نام ديگري ثبت شده است. حتي گفته مي‌شد حداقل براساس قانون نيمي از آراي شمارش شده به نام رحماني نيز به حساب او واريز نشده است. اختلاف آراي هاشمي رفسنجاني و علي اکبر رحماني کمتر از 9 هزار رأي بود و چنانچه اعتراض رحماني مورد قبول واقع مي‌شد او به عنوان نفر سي ام وارد مجلس مي‌شد و هاشمي رفسنجاني از راهيابي به مجلس باز مي ماند.

با گذشت زمان اخبار مهم ديگري هم افشا شد. از جمله آنکه تاج زاده خبر داد فائزه هاشمي- نفر دوم تهران در انتخابات مجلس پنجم- طي نامه اي درخواست کرده است که چون کسي او را با نام هاشمي نمي شناسد، آرايي که با نام هاشمي در صندوق‌ها ريخته شده را به حساب او نگذارند. ديگر آنکه يک منبع موثق در وزارت کشور خبر داد که هيأت نظارت شهرستان تهران با ارسال بخشنامه اي به ناظران خود از آنها خواسته است که آرايي که صرفاً با نام خانوادگي رجايي نوشته شده است براي سعيد رجايي خراساني منظور شود! اين در حالي بود که عليرضا رجايي کانديداي ملي‌مذهبي‌ها صدها هزار رأي بيش از رأي مورد نظر هيأت نظارت رأي آورده بود. گفته مي شد فرمانداري تهران خواستار لغو اين بخشنامه شده است، ليکن هيات نظارت در برابر خواسته دولت مقاومت مي‌کرد.[روزنامه عصرآزادگان-پانزدهم اسفند 1378]